北京協和醫學院是首批具有博士學位和碩士學位授予權的單位，現有一級學科博士授權專業點7個、一級學科碩士授權專業點3個，是國務院學位委員會自行審核博士學位授權一級學科點和碩士學位授權一級學科點的委托學位授予單位。現有一級學科國家重點學科2個，二級學科國家重點學科8個，三級學科國家重點學科2個，國家重點培育學科1個。可分別授予醫學博士、理學博士（哲學博士）、醫理雙博士、工學博士、醫學碩士、理學碩士、工學碩士和管理學碩士等學位，每年授予博士學位人數位居全國醫學院校首位。
一級學科國家重點學科（2個）
生物學、藥學
二級學科國家重點學科（8個）
免疫學、病理學與病理生理學、皮膚病與性病學、影像醫學與核醫學、婦產科學、腫瘤學、麻醉學、內科學
三級學科國家重點學科（2個）
外科學（胸心外）、外科學（骨外）
國家重點（培育）學科（1個）
外科學（普外）
國家中醫藥管理局重點學科（1個）
藥用植物學
一級學科北京市重點學科（4個）
基礎醫學、臨床醫學、護理學、生物醫學工程
二級學科北京市重點學科（3個）
神經病學、眼科學、流行病與衛生統計學
交叉學科北京市重點學科（1個）
轉化醫學
三級學科北京市重點學科（1個）
外科學（普外）
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